超声波清洗机原理主要是通过换能器，将功率超声频源的声能转换成机械振动，通过清洗槽壁将超声波辐射到槽子中的清洗液。由于受到超声波的辐射，使槽内液体中的微气泡能够在声波的作用下从而保持振动。破坏污物与清洗件表面的吸附，引起污物层的疲劳破坏而被驳离，气体型气泡的振动对固体表面进行擦洗。它利用的是液体中超声波的空化效应对物体表面污染物进行破坏撞击，有的应用还需辅助化学清洗剂，从而达到清洗目的。
等离子清洗机采用气体作为清洗介质，有效地避免了因液体清洗介质对被清洗物带来的二次污染。等离子清洗机外接一台真空泵，工作时清洗腔中的等离子体与清洗物的表面污染物发生反应并灰化，短时间的清洗就可以使有机污染物被彻底地清洗掉，同时污染物被真空泵抽走，其清洗程度达到分子级。
等离子清洗器除了具有超清洗功能外，在特定条件下还可根据需要改变某些材料表面的性能，等离子体作用于材料表面，使表面分子的化学键发生重组，形成新的表面特性。
对某些有特殊用途的材料，在超清洗过程中等离子清洗器的辉光放电不但加强了这些材料的粘附性、相容性和浸润性，并可消毒和杀菌。等离子清洗器广泛应用于光学、光电子学、电子学、材料科学、生命科学、高分子科学、生物医学、微观流体学等领域。
等离子清洗机的应用，起源于20世纪初，随着高科技产业的快速发展，其应用越来越广，目前已在众多高科技领域中，居于关键技术的地位，等离子清洗技术对产业经济和人类文明影响最大，首推电子资讯工业，尤其是半导体业与光电工业。
所以当需要对精密产品或者不适合液体清洗产品进行清洗时推荐微波等离子清洗机，而允许液体清洗的应用则可以权衡考虑是选择超声波清洗机还是等离子清洗机。有的工艺应用甚至是前一工段进行超声波清洗，后一工段紧接着是等离子清洗。两者没有绝对谁好谁坏，只是要选择符合工艺要求的清洗方式而已。
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